نیمیشن کوکو داستان پسربچه جوانی به نام میگوئل را حکایت می‌کند که با وجود ممنوع بودن موسیقی در خانواده او، وی آرزو دارد که روزی مانند هنرمند مورد علاقه و الگوی خود یعنی ارنستو د لا کروز تبدیل به یک نوازنده حرفه‌ای و مشهور شود. میگوئل در روز مردگان و در گورستان شروع به نواختن گیتاری می‌کند که متعلق به ارنستو بوده است. پس از آن به صورت اتفاقی او همراه با سگ خود که دانته نام دارد، وارد سرزمین مردگان می‌شود. با اینکه ساکنان این دنیا به دنبال او هستند، اما میگوئل تصمیم می‌گیرد که کروز را پیدا و با او صحبت کند. همچنین در همین میان او با هکتور برخورد می‌کند که قرار است به کمک هم تاریخچه اسرارآمیز پنهان خانواده میگوئل را پیدا کنند. ولی مسئله‌ای که وجود دارد این است که او باید هرچه زودتر کروز را پیدا کند؛ زیرا اگر میگوئل این دنیا را ترک نکند، برای همیشه تبدیل به اسکلت خواهد شد.
